Layanan Pusat Sekuensing Terkini Hadir di KST Soekarno Cibinong

Jakarta, ITECH- Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) menghadirkan fasilitas pusat sekuensing untuk memenuhi kebutuhan sekuencing untuk menghasilkan data genom. Hanya dengan mengakses e-layanan sains (Elsa) BRIN, masyarakat dapat dengan mudah mengajukan berbagai layanan sekuensing terkini di Indonesia.

Kepala Pusat Riset Komputasi (PRK) BRIN Rifki Sadikin dalam laman brin.go.id menuturkan selain diperuntukkan untuk kebutuhan riset, laboratorium sekuensing menyediakan layanan sekuensing dalam tiga platform. Diantaranya: Sanger, Next Generation Sequencing (Short Reads) dan Long Reads-Oxford Nanopres Technology (ONT) yang tersedia di Kawasan Sains Teknologi (KST) Soekarno Cibinong.

“Ketiga platform ini dapat diakses melalui Elsa BRIN dan telah dilengkapi dengan tata cara pengajuan, tarif dan waktu layanan. Beberapa layanan yang dapat diakses yaitu layanan berbasis Sanger, NGS berbasis Illumina atau MGI, ONT, dan Bioinformatika,” ujar Rifki dalam acara Kolokium Layanan Laboratorium Pusat Sekuensing pada Jumat (14/7/2023).

Dalam kesempatan yang sama, Koordinator Laboratorium Sekuensing Direktorat Pengelolaan Laboratorium, Fasilitas Riset dan Kawasan Sains dan Teknologi BRIN, Muhammad Ridwan menambahkan, layanan sekuensing yang diajukan nantinya akan diverifikasi oleh penyelia layanan.

“Apabila proses verifikasi selesai, user akan diminta mengirimkan sampel. Untuk saat ini, pengiriman sampel ditujukan ke Laboratorium BSL BRIN yang nantinya akan dikirim ke laboratorium pusat sekuensing yang berada di lantai 4 Gedung Lab Genomik,” ucap Ridwan.

Pada kolokium tersebut, hadir pula Periset Pusat Riset Biologi Molekuler Eijkman yang juga Manager Lab NGS Sequencing, Iskandar Alisyahban Adnan. Dia menjelaskan persyaratan sampel layanan sekuensing.

Dirinya menginformasikan, layanan yang diajukan akan dihitung per sampel per primer, dan laporan hasil uji akan diberikan dalam bentuk elektrophoregram dan berkas.

“Tipe layanan juga perlu disesuaikan dengan kebutuhan. NGS dan Sanger berbeda. Jika sampel yang digunakan banyak, maka sebaiknya menggunakan metode NGS, karena Sanger sampelnya terbatas. NGS dapat mempercepat pekerjaan dan dari sisi harga bisa jadi lebih efisien,” ungkap Iskandar.

Sementara itu, Iskandar juga menginformasikan untuk Illumina tidak ada syarat ukuran fragmen, karena nantinya akan difragmentasi. Sedangkan untuk Whole Genome Sequencing dengan ONT, direkomendasikan menggunakan kit ekstraksi yang high molecular weight.

“Khusus untuk saat ini, sekuensing Illumina tidak ada penyediaan bahan dan kit. Jadi sifatnya penyediaan alat saja. Jadi penggunaannya dihitung berdasarkan lama penggunaan alat,” imbuh Iskandar.

Berbeda dengan ONT, Field Scientist Oxford Nanopore Technologies, Vania Gavrila Wikasa menjelaskan, platform sekuensing yang berasal dari Inggris ini memiliki banyak kelebihan, diantaranya lebih fleksibel penggunaannya.

“Proses sekuensing ONT dapat dilakukan di mana saja dengan perangkat masing-masing. ONT adalah one sequencing platform yang artinya dapat mengeksplorasi full biology tanpa perlu preparasi tambahan dan structure variation assembly,” pungkas Vania.

Lebih lanjut dia mengungkapkan, ONT bisa digunakan untuk long reads dan short reads sequencing. Skalanya pun dapat di setting sesuai kebutuhan, karena ONT memiliki fitur-fitur yang unik.