TFRIC-19 BPPT Lakukan Whole Genome Sequencing

Jakarta, Itech- Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) pada Maret 2020 membentuk Task Force Research and Innovation Covid-19 (TFRIC-19) untuk mewadahi riset dan inovasi percepatan penanganan Covid-19. Sebelumnya, pada 16 Maret 2020, BPPT ditunjuk Menteri Riset dan Teknologi/Kepala Badan Riset dan Inovasi Nasional (Menristek/Kepala BRIN) yang meminta sejumlah orang untuk turun rembuk dalam percepatan penanganan masalah pandemi Covid-19.

Kepala BPPT Hammam Riza mengatakan bahwa inisiasi TFRIC-19 pada Maret 2020 adalah pembuktian keteguhan untuk inovasi terkait Covid-19. “BPPT bekerja dengan commitment and endurance. BPPT ingin membangun ekosistem inovasi teknologi dengan cepat, agar produk kesehatan dihasilkan secara mandiri,” terang Hammam di Kantor BPPT, Jakarta, (13/8).

Berbagai ide bermunculan dari Tim TFRIC-19. Salah satunya, ide untuk melakukan whole genome sequencing (WGS) virus SARS-CoV2 yang dikoordinasi di sub-Tim-4 TFRIC-19, yang didukung oleh tim dari SITH dan SF-ITB, FK-UNPAD, Labkes Prov Jabar, BPPT, Balitbangkes, Sayurbox, Yarsi, Wakayama College. Informasi WGS virus ini diperlukan untuk mengetahui profil genetik virus SARS-CoV2 yang beredar di Indonesia.

Profil genetik ini diperlukan untuk menunjang pengembangan terapi untuk mengatasi Covid-19, mengetahui transmisi virus SARS-CoV2 di Indonesia, sehingga dapat diperoleh strategi pencegahan penyebaran virus tersebut.

Sub-Tim-4 TFRIC-19 semula merencanakan untuk melakukan sequencing Sars CoV2 dari berbagai daerah di Indonesia, tetapi sayangnya terdapat berbagai kendala yang menghambat kegiatan ini. Atas dukungan Gubernur Jawa Barat (Jabar) dan Labkes Provinsi Jabar, Sub-Tim-4 TFRIC-19 dapat memperoleh sampel sehingga tim dapat merealisasikan kegiatan WGS-nya.

Selanjutnya pengerjaan penelitian dilaksanakan di tiga tempat yaitu pengisolasian dan qPCR RNA dari VTM dilaksanakan di Labkes Jabar, penentuan kualitas dan kuantitas RNA sampai proses sequencing dilaksanakan di laboratorium Genetika molekuler FK-UNPAD, dan Analisa bioinformatika dilaksanakan di ITB.

Dengan bantuan relawan tim Covid-Labkes Jabar, Sub-Tim-4 TFRIC-19 berhasil memperoleh 141 sampel RNA yang diisolasi dari VTM hasil swab pasien Covid-19 Jabar. Dari 141 sampel tersebut, hanya terdapat 24 sampel RNA yang memenuhi persyaratan secara kuantitas dan kualitas yang dapat dilanjutkan untuk proses sequencing batch pertama.

Ke-24 sampel RNA tersebut memiliki ct-value qPCR untuk virus SARS-CoV2 antara 20-36. Dari kedua puluh empat sampel tersebut hanya terdapat dua sampel yang berhasil dilakukan sequencing yaitu sampel yang memiliki ct-value qPCR untuk virus SARS-CoV2 antara 20-21. Hasil analisa sequence virus SARS-CoV2 yang berhasil diisolasi di Jabar tersebut telah dilaporkan ke GISAID pada 10 Agustus 2020 bertepatan dengan Hari Kebangkitan Teknologi Nasional (Harteknas).

Hasil analisa dari GISAID tersebut menunjukan bahwa virus SARS-CoV2 yang menginfeksi kedua pasien JABAR tersebut merupakan virus SARS-CoV2 clade GH (Gambar 1). Clade virus JABAR yang ditemukan ini sama dengan 1 clade virus yang ditemukan oleh Institute of Tropical Disease (ITD)-Universitas Airlangga (Surabaya), tetapi berbeda dengan clade virus lainnya yang ditemukan oleh ITD-Surabaya dan Lembaga Eijkman Jakarta. Clade virus lainnya yang telah ditemukan oleh ITD dan Eijkman mayoritas termasuk ke dalam clade virus L. Virus SARS-CoV2 clade GH selama ini banyak ditemukan di USA, Saudi Arabia dan Korea (Gambar 2).

Analisis bioinformatik lebih lanjut menunjukkan adanya 13 titik pada urutan genome sampel Jabar yang berbeda dengan sampel virus yang berasal dari Wuhan, Cina. Dalam hal ini, tim masih mempelajari apakah perbedaan tersebut akan signifikan mempengaruhi disease outcome dari pasien atau tidak. Dua hal menarik yang bisa dipelajari lebih lanjut adalah, yang pertama apakah perbedaan sampel Jabar dengan sampel Indonesia pada umumnya mempengaruhi tingkat keparahan penyakit pada pasien, seperti telah diketahui Jabar memiliki tingkat mortalitas yang lebih rendah dari DKI dan Jawa Timur.

Apakah terjadi pergeseran sirkulasi virus yang terdapat di Indonesia? Dari hasil sequencing sampel DKI Jakarta dan Jawa Timur yang diambil pada bulan Maret-April menunjukan dominansi clade L, sedangkan pada sampel Jabar yang diambil pada bulan Juli, keduanya termasuk ke dalam clade GH. Kedua pertanyaan tersebut dapat dijawab dengan pengambilan sampel yang lebih banyak dan representatif untuk di sequencing.

Karena itu TFRIC-19 akan melakukan sequencing tahap dua pada bulan Agustus-September 2020. Dalam sequencing tahap dua ini akan direkrut 24 sampel lagi. Selain proyek tersebut, Labkes provinsi Jabar sendiri berencana akan melakukan analisis sequencing pada 50 sampel yang lain. Dengan bertambahnya data WGS Covid-19 dalam waktu dekat, diharapkan dapat menjadi masukan dalam menanggulangi permasalahan Covid-19, khususnya di Indonesia. (red)