LIPI Peroleh Sekuens Genom Utuh Virus SARS-CoV-2

Jakarta, Itech- Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) melalui Pusat Penelitian Bioteknologi, Pusat Penelitian Biologi, dan Pusat Penelitian Informatika, berhasil mengurutkan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing dari dua sampel Virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia. Ini merupakan WGS pertama di Indonesia yang menggunakan teknologi OxfordNanopore.

Hasil sekuens telah diajukan oleh LIPI pada Selasa (25/8) di Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), sebuah lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus SARS-CoV-2.

“Semua makhluk hidup, termasuk virus penyebab Covid-19, memiliki kode genetik sendiri berupa deoxyribonucleicAcid (DNA) atau ribonucleic acid (RNA). Rangkaian DNA atau RNA menyusun suatu kode genetik yang secara keseluruhan membentuk sebuah genom. Pengurutan rangkaian DNA atau RNA tersebut menjadi gambar genom yang utuh dapat dilakukan melalui Whole GenomeSequencing,” ungkap Anggia Prasetyoputri, anggota tim riset WGS dari Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI di Cibinong pada Sabtu (29/8).

Anggia menjelaskan, SARS-CoV-2 merupakan virus yang memiliki materi genetik sehingga memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan cepat. “Dari hasil WGS beberapa sampel virus yang ada di Indonesia, telah ditemukan adanya mutasi pada 12 sekuens SARS-CoV-2 yang telah diunggah di GISAID berupa mutasi yang terjadi pada nukleotida sehingga menyebabkan perubahan pada asam amino yang disandinya,” papar Anggia.

Dirinya menjelaskan, sampai saat ini belum diketahui apakah mutasi yang terjadi akan berpengaruh pada tingkat infeksi virus terhadap manusia ataupun adanya perubahan gejala yang timbul setelah terinfeksi Covid-19.

Melalui WGS informasi genetik yang tersandi dalam rangkaian RNA genom virus dapat memberikan beberapa informasi yang dibutuhkan tentang bagaimana cara membangun, menjaga serta melemahkan hidup virus tersebut,” terang Anggia. “Pengetahuan awal mengenai kode genetik virus ini akan memberikan informasi lebih lanjut tentang bagaimana cara menangani virus tersebut, termasuk juga untuk pengembangan vaksin yang lebih sesuai untuk masyarakat Indonesia,” tambahnya.

Teknologi Oxford Nanopore

Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano. “Perangkat Oxford Nanopore melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut,” terang Ratih Asmana Ningrum selaku Kepala Laboratorium BiosafetyLevel-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.

Ratih menjelaskan, informasi tentang perubahan arus dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul. “Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda”, jelasnya.

Pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuen. “Tentu saja diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu organisme,” rincinya.

Menurut Ratih, platform Oxford Nanopore ini memiliki banyak keunggulan, antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini serta harga instrumen rendah. “Namun, penggunaan platform ini masih sangat terbatas. Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut,” ungkapnya.

Ratih menegaskan, LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan di masa pandemi ini. (red)